Es 1873 en Santander, al norte de España. Magdalena y Juan son un matrimonio sin muchos recursos, cuyo deseo de tener hijos no se cumple. Un aborto fractura sus esperanzas y transforma a Magdalena en una figura sombría e incómoda. Al empeorar la situación, Juan decide tomarle la palabra a su tío y viajan a los Altos de Jalisco, en México, para cambiar su futuro.
Éste es el punto de partida de una narrativa que explora la migración, la revuelta revolucionaria, la subalternidad femenina y la resistencia de los oprimidos. Desde estos hilos se irán configurando las heridas perpetuas que marcarán a sus descendientes por generaciones.
Con un lenguaje sobrio y poético, rodeado de cantos, plegarias y conjuros indígenas, A la sombra de un árbol muerto cuenta la vida de aquellos que se enfrentan a su destino desde el sitio que ocupan mucho antes de nacer.